Le champ d'application de l'analyse d'image ne cesse de s'agrandir dans les domaines des sciences de la vie. Les problèmes d'identification d'objets et de quantification utilisent des concepts et des outils logiciels abordables sans connaissances mathématiques approfondies.
Le but de ce stage est de fournir aux chercheurs et techniciens les éléments nécessaires à la saisie, l'amélioration d'image, la mise en forme de sa représentation, et les concepts nécessaires à l'utilisation d'un logiciel et à la quantification.
Le stage est conçu initialement pour des biologistes désirant acquérir une formation générale en analyse d'image, et particulièrement pour ses applications en microscopie optique. Il accueille également des chercheurs et techniciens du domaine des matériaux, de la physique ou de la chimie.
L'enseignement fait appel à des concepts simples sans développements mathématiques.
Programme :
Première partie (18 h) :
Après un bref rappel sur les propriétés physiques de la lumière et des capteurs (vision, caméras, photomultiplicateur), différents aspects de saisie et d'analyse d'image sont détaillés :
Fluorochromes, fluorescence des marquages enzymatiques, FISH.
Analyse de gels.
Format des images en mémoire et format des fichiers d'images.
Opérations sur une image : modifications d'histogramme, convolutions, morphologie mathématique, utilisations de la transformée de Fourier.
Opérations entre images.
Image binaire, algèbre de Boole, techniques de segmentation.
Image couleur, représentations RVB et HIS, diagrammes CIE.
Représentations en 3 dimensions (3D).
Des exposés et démonstrations à la demande seront traités le dernier jour : microscopie confocale, reconstruction en 3D, déconvolution, traitement de séries d'images (analyse en composantes principales ou Karuhnen-Loeve).
Deuxième partie (18 h) :
Travaux pratiques sur préparations macro- et microscopiques et sur images enregistrées.
Décodage d'une image vidéo.
Calibration d'une image en x, y et z.
Comptage, forme d'objets.
Programmation d'une application sous le logiciel ImageJ.
Etude de cas sur des préparations biologiques ou des images apportées par les stagiaires.
Matériel mis à disposition des stagiaires :
Analyseurs d'images d'usage général couplés à trois microscopes de fluorescence associés à des caméras standard, couleur 3CCD, et à bas niveau de lumière.
Postes de travail sur logiciels Leica Qwin, Matlab, ImageJ et Amira.
Microscope confocal TCS SP2
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