Ce stage a pour but de présenter les bases de données et outils bioinformatiques disponibles dans le cadre de l'étude de cibles d'intérêt biologique. Les nouvelles informations fournies par la biologie à haut débit (génomique, transcriptomique, protéomique, interactomique...) seront présentées ainsi que les approches et méthodes permettant de les manipuler et de les incorporer dans une analyse intégrée. Les grandes étapes allant du génome aux données de la biologie à haut débit seront illustrées par des séances pratiques
Techniciens, ingénieurs et chercheurs qui souhaitent utiliser et valider les données de la biologie à haut débit et les valoriser aussi bien dans l'étude d'une famille de gènes que lors d'études massives.
Remarque : idéalement, cette formation s'inscrit dans la continuité du stage ''Bioinformatique et analyse de séquences de protéines''.
Programme :
Rappels :
Les outils de base utilisés en bioinformatique : recherche de séquences par interrogation textuelle, par similarité ; alignement de séquences.
Données issues de la biologie à ''haut débit'' :
Présentation des sources de données et manipulation de :
données de génomes complets et de génomique comparative
données d'expression de gènes : ADNc, EST, SAGE, puces à ADN
données d'interaction entre protéines : yeast two-hybride, TAP-tag
données structurales issues de programmes de génomique structurale
Caractérisation de gènes d'intérêt :
Exploitation et intégration des données pour la recherche et la caractérisation des cibles.
localisation et distribution d'éléments génétiques dans les génomes complets (procaryotes et eucaryotes)
prédiction de la fonction des gènes (par similarité et par non-homologie)
profils d'expression, analyse comparée de sources hétérogènes
interactome et notion d'interologue
Pratique : étude de cas réels, bilan et validation croisée des résultats.
Informations complémentaires :
Méthodes pédagogiques
Enseignement essentiellement basé sur la pratique (un poste de travail par personne) avec un minimum de cours théoriques. Un support de cours est remis aux stagiaires.
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