Formation : Master of Business Engineering en Informatique Appliquée aux Sciences de la Vie de l'EBI
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avec EBI
- Renseignements :
- Durée : 250 Heures
- Type : En centre (inter)
- Diplômant : Oui
- Prix H.T. € :
7900.00
- Objectifs :
- 3ème cycle de haut niveau répondant à de nouveaux enjeux essentiels pour les industries et entreprises des secteurs de la bio-informatique destinées à des étudiants ayant étudié les sciences de la vie jusqu'à un niveau de second cycle.
L’augmentation exponentielle des données issues de la recherche en Sciences de la Vie a généré de nouveaux besoins d’acquisition, de stockage, de traitement et de communication de ces informations.
Le programme scientifique du Master of Business Engineering en Informatique Appliquée aux Sciences de la Vie de l’EBI a pour but de donner tous les outils du Management de ces données à des étudiants issus de l’un des domaines de la Biologie.
La Bio-informatique permet , à partir du séquençage des génomes, d’interpréter le code génétique (Génomique) et d’en proposer une traduction en protéines tridimensionnelles (Protéomique).
Elle sert aussi la Recherche Clinique, en permettant le classement et l’interprétation des données qui visent à vérifier, contrôler et valider l’efficacité d’un médicament. Le développement et la mise en place du Data Management et du Data Mining ont renforcé la place de l’informatique dans le secteur pharmaceutique.
Les outils de la bio-statistique, la programmation dans plusieurs langages très utilisés dans les entreprises de nos secteurs, la connaissances des réseaux, des outils d’échanges de données très spécifiques, de logiciels d’application à la bio-informatique complètent cette formation qui se veut à l’écoute des besoins du marché dans ce domaine.
C’est grâce à l’association en continu pendant les 6 mois de formation à l’EBI de ce programme scientifique avec les cours du tronc commun des MBE, que l’étudiant acquiert une vision de chef de projet sur ces problèmes.
Les bio-informaticiens issus de cette formation sont développeurs d’interfaces graphiques et de logiciels, gestionnaires de bases de données (DATA MANAGER), bio-statisticiens au sein d’entreprises de biotechnologies, d’industries pharmaceutiques, de CRO (Contract Research Organisation), de SSII ou de Laboratoires de recherche publics.
- Application mathématique pour la bio-informatique : Les Chaînes de MARKOV
Outils Statistiques ; Chaînes de Markov et chaînes de Hidden Markov
Algorithmes de prédiction
15 h (1)
Module 2
Algorithme
Définition et principes
Structures de contrôle ; structure des données
Etude de l’algorithme de base, de tri, de recherche, de compression de données
Analyse de la complexité, algorithme des mots et des arbres.
36 h (3)
Module 3
Programmation : raisonnement et logique de la programmation
Langage C++, JAVA, Approche des langages UML et XML
Visual Basic, application à la réalisation de modèles moléculaires
Php, applications web
SAS : formation au langage SAS, Data management, data mining, logiciels Entreprise Guide, Entreprise Miner
60 h (4)
Module 4
Environnement UNIX
Matériels et logiciels
Réseaux et notamment l'Internet, TCP/IP TELNET, FTP, locaux (LAN et WAN)
Environnement Unix, linux
52h (4)
Module 5
Bases de données relationnelles
Bases de données : concepts et applications. Objectifs des SGBD
Modèle MERISE
Langage SQL.
Présentation des logiciels MS Access, ORACLE.
MySQL
Application aux données biologiques
40 h (3)
Module 6
Bio-informatique
Introduction aux banques de données biologiques et aux analyses de séquences
Bases de données biologiques : les bases généralistes et les bases spécialisées
Outils d’analyse en bio-informatique
Programme de séquençage automatique et manuel.
Programme de validation du séquençage
Alignement de séquences. Comparaison de séquences : BLAST, FASTA, BLITZ. , alignement multiples CLUSTALW.
Graphisme moléculaire. Prédiction des structures et des fonctions. Présentation des outils de simulation et de visualisation des structures tridimensionnelles : Rasmol ; fichiers au format pdb etc…
Drug Discovery, recherche de médicaments in silico.
45 h (3)
Module 7
Clinical Data Management
Introduction aux métiers de la biométrie
Réglementation et méthodologie de la Recherche Clinique
Clinical data management de la recherche pré clinique, de la recherche clinique
Outils logiciels : SAS, Clintrial, In form, Oracle clinical
60 h (4)
- Contenu pédagogique La formation DE CE Master s'organise autour de deux axes : formation à l'entreprise et formation spécifique en informatique appliquée à la biologie et à la recherche clinique. LA FORMATION Durant les 6 mois à l'Ecole de Biologie Industrielle, 550 heures de formation sont délivrées (scientifique + tronc commun <../Presentation/index.htm>). L'étudiant est encadré par le professeur permanent responsable du programme, Monsieur Denis HUET, qui le guide dans la construction et la réalisation de son projet professionnel. La formation est à la fois axée sur les apprentissages individuels, mais aussi sur le travail en équipe, par projets. Les cours, travaux dirigés, conférences par des professionnels sur ces applications informatiques, sont complétés par l'élaboration de plusieurs projets qui accompagnent les enseignements durant les 6 mois. LE STAGE De 6 mois au minimum, dans les entreprises de nos secteurs, avec production d'un mémoire et soutenance devant jury. Quelques exemples de stages proposés sur cette formation depuis sa création : Développement d'interfaces intranet en JAVA, permettant l'analyse et le suivi des productions en chimie combinatoire (CEREP) Travail sur un logiciel de dessin de structures pyramidales, application à l'analyse de clusters de séquences homologues (SUPELEC) Réalisation d'une application intranet en JSP, permettant la gestion de données chimiques, biologiques et de modélisation moléculaire (CEREP) Gestion de bases de données cliniques (GERCOR) ; Développement informatique pour les offres ''logiciels'' d'IVALUA Création d'une application Web pour le gestion de commandes d'oligonucleotides (SANOFI-SYNTHELABO) Conception, gestion et administration de bases de données cliniques et biologiques (Institut COCHIN) ; Methodology of human genome annotation with BIOFACET ( GENE-IT) Conception et réalisation d'une Database ISS (CAC ONCOLOGY) Développement et exploitation d'une méthode d'annotation originale de génomes bactériens pathogènes (GENOSCOPE) Mise en place d'un système de traçabilité informatisé (HASSLER CHARCURHIN) ; Intégration des modules de canonisation et de chimie combinatoire aux bases de données des matières premières et des produits finis (CEREP)…
