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UNIVERSITÉ Paris Diderot

Séquençage haut débit : Principes et exemples d'applications - formation non diplomante

Certification / expertise

3 jour(s)

850 € TTC

Université

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Objectifs

Compétences visées :

  • Connaissance des principes de fonctionnement des nouvelles technologies de séquençage haut débit et de la spécificité des différentes techniques à l’aide de quelques exemples d’applications. Une alternance de cours théoriques et de démonstrations sur ordinateurs permettra aux participants de prendre connaissance des procédures expérimentales du séquençage haut débit (appareillage, préparation des échantillons biologiques…) ainsi que des prérequis nécessaires à la mise en place d’une plate-forme de séquençage.
  • Connaissance des différents aspects de l’analyse bioinformatique des données (définitions, différents formats de fichiers, exemples d’outils constructeurs disponibles). Familiarisation à l’utilisation de Galaxy.


Public visé

Techniciens, ingénieurs et chercheurs biologistes des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant amenés à travailler à court ou moyen terme avec les techniques de séquençage haut débit.

Programme

JOUR 1 :

  • Présentation de la formation.
  • Méthodes de séquençage HTS.
  • Principes de fonctionnement et spécificités des différentes techniques. Définitions (« read », « single-read », « paired-read », profondeur et couverture). Exemples d’applications.
  • Préparation du matériel biologique I.
  • Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la recherche d’agents pathogènes.
  • Préparation du matériel biologique II.
Extraction, contrôle de la qualité et de la quantité, contaminations. Matériel de laboratoire nécessaire. Application à la génétique humaine.

JOUR 2 :

  • Mise en place d’une plate-forme de séquençage HTS.
  • Préparer le laboratoire à un projet de séquençage. Achat d’une machine ? Laquelle choisir ? Spécifications techniques et coût. Comment réussir son installation ? Infrastructures informatiques (stockage, ressources de calculs).
  • Architecture d’un ordinateur.
  • Ressources de calculs nécessaires. Définitions importantes (le fichier FASTQ, notion de score qualité PHRED). Différents formats de fichiers (SAM, BAM, BED, VCF etc).
  • Appréhender l’analyse bioinformatique des données.
  • Présentation de différents cas d’études.
  • Initiation à Galaxy I.

Création d’un compte. Gestion de l’historique. Création et utilisation d’un « workflow ». Partage des données entre collaborateurs. Exemples d’application sur un jeu de données RNASeq.

JOUR 3 :

  • Initiation à Galaxy II.
  • Visualisation des résultats. Différents serveurs disponibles. Forums. Groupes de discussion et tutoriaux.
  • Table ronde, bilan et discussions entre les participants

Discussions scientifiques et retours de la formation.

 

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En résumé

Objectif

Certification / expertise

Durée

3 jour(s)

Coût

850 € TTC

Modes d'enseignement

En école ou centre de formation

Type d'établissement

Université

Domaine

Biologie

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