UNIVERSITE DE PARIS

DU Bioinformatique intégrative - DUBii

Autre diplôme niveau BAC+5

268 heure(s)

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Objectifs

La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l’analyse de données de nature extrêmement diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d’interactions. Ces différentes approches fournissent chacune une perspective sur des composantes spécifiques des cellules. Cependant, la compréhension des processus biologiques nécessite de pouvoir extraire les informations pertinentes à partir de ces différents jeux de données, pour ensuite les intégrer et les interpréter en utilisant des modèles intégratifs. L’appropriation par des biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service. Le DU en bioinformatique intégrative s’adresse en priorité à des biologistes en demande d’évolution ou de reconversion professionnelle. Ce DU fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d’immersion sur une des plateformes régionales de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), dans le cadre d’un projet tutoré. Ce stage pratique consistera à mobiliser les méthodes et outils appris pendant les enseignements pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative, en combinant des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire et/ou collectées à partir de bases de données publiques (principe BYOD : “Bring Your Own Data”).

Savoir-faire et compétences :

  • Maîtriser l’environnement informatique en ligne de commandes (Unix).
  • Gérer la parallélisation des tâches ; développer des scripts en Python et en R.
  • Concevoir et mettre en oeuvre des workflows d’analyse combinant des données de natures diverses afin d’extraire les informations pertinentes et d’en dériver une interprétation intégrative.
  • Connaître et utiliser les ressources matérielles et logicielles déployées par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB).

Public visé

Techniciens et ingénieurs de la recherche, post-doc, chercheurs, enseignant-chercheurs, doctorants (si prise en charge des frais de formation par l’employeur) du secteur public et du secteur privé.

Programme

La formation cumule 128h de cours théoriques et pratiques dont 32h en distanciel, 140h de stage sur plateforme de bio-informatique à l'IFB dont un projet tutoré. Une soutenance s'effectuera à la fin de la formation.
  • Enseignements théoriques et pratiques : 4 semaines en 4 sessions de 4 jours (du lundi 10h00 au jeudi 16h00), avec une semaine d’interruption.
  • Projet tutoré - stage : 20 jours.
  • Soutenance.

Les cours-TP bénéficieront d’un double encadrement. L’apprentissage de la programmation sera proposé par une approche piscine (immersion immédiate dans la pratique, très peu de théorie, rythmes adaptés à chacun).

L'enseignement est organisé en 7 modules :

  • Environnement Unix.
  • Initiation à la programmation et manipulation de données biologiques en Python.
  • Analyse statistique avec R.
  • Production des données à haut débit et sources de données pour la biologie intégrative.
  • Méthodes et outils bioinformatiques pour l’analyse des données à haut débit.
  • Bioinformatique intégrative.
  • Projet tutoré.

 

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En résumé

Durée

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Coût

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Modes d'enseignement

À distance / e-learning

Type d'établissement

Université

Domaine

Biologie

Domaine secondaire

Programmation

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