Université Paris Cité
DU Bioinformatique intégrative - DUBii
Autre diplôme niveau BAC+5
268 heure(s)
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Objectifs
Présentation DU Bioinformatique intégrative - DUBii :
La bioinformatique est devenue une compétence incontournable pour l’analyse de données de nature extrêmement diverses : génomes, transcriptomes, protéomes, métabolomes, structures macromoléculaires, réseaux d’interactions. Ces différentes approches fournissent chacune une perspective sur des composantes spécifiques des cellules. Cependant, la compréhension des processus biologiques nécessite de pouvoir extraire les informations pertinentes à partir de ces différents jeux de données, pour ensuite les intégrer et les interpréter en utilisant des modèles intégratifs. L’appropriation par des biologistes des méthodes et outils de biostatistique et bioinformatique intégrative est un enjeu majeur pour la montée en compétence des équipes de recherche et des plateformes de service. Le DU en bioinformatique intégrative s’adresse en priorité à des biologistes en demande d’évolution ou de reconversion professionnelle. Ce DU fournira une formation théorique et pratique, complétée par une période d’immersion sur une des plateformes régionales de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB), dans le cadre d’un projet tutoré. Ce stage pratique consistera à mobiliser les méthodes et outils appris pendant les enseignements pour réaliser un projet personnel de bioinformatique intégrative, en combinant des données propres à chaque participant produites dans son laboratoire et/ou collectées à partir de bases de données publiques (principe BYOD : “Bring Your Own Data”).
Objectifs
Maîtriser l’environnement informatique en ligne de commandes (Unix)
Connaître et utiliser les ressources matérielles et logicielles déployées par l’Institut Français de Bioinformatique (IFB)
Compétences visées
Gérer la parallélisation des tâches ; développer des scripts en Python et en R.
Concevoir et mettre en oeuvre des workflows d’analyse combinant des données de natures diverses afin d’extraire les informations pertinentes et d’en dériver une interprétation intégrative.
Public visé
Techniciens et ingénieurs de la recherche, post-doc, chercheurs, enseignant-chercheurs, doctorants (si prise en charge des frais de formation par l’employeur) du secteur public et du secteur privé.Programme
Référence formation : DUS02 191
Volume horaire : 268 heures, dont 128h de cours théoriques et pratiques dont 32h en distanciel, 140h de stage sur plateforme de bio-informatique à l'IFB dont un projet tutoré. Une soutenance s'effectuera à la fin de la formation.
Lieu : Campus des Grands Moulins - UFR Sciences du vivant- Bâtiment Lamarck B 35 rue Hélène Brion 75013 Paris
Calendrier :
Enseignements théoriques et pratiques : 4 semaines en 4 sessions de 4 jours (du lundi 10h00 au jeudi 16h00).
Projet tutoré - stage : 20 jours
Les cours-TP bénéficieront d’un double encadrement. L’apprentissage de la programmation sera proposé par une approche piscine (immersion immédiate dans la pratique, très peu de théorie, rythmes adaptés à chacun).
L'enseignement est organisé en 7 modules :
Environnement Unix
Initiation à la programmation et manipulation de données biologiques en Python
Analyse statistique avec R
Production des données à haut débit et sources de données pour la biologie intégrative
Méthodes et outils bioinformatiques pour l’analyse des données à haut débit
Bioinformatique intégrative
Projet tutoré
Ressources matérielles
Afin de favoriser une démarche interactive et collaborative, différents outils informatiques seront proposés pour permettre :
d'échanger des fichiers, des données
de partager des ressources, des informations
de communiquer simplement en dehors de la salle de cours et des temps dédiés à la formation.
MOYENS PERMETTANT DE SUIVRE L’EXÉCUTION DE LA FORMATION ET D’EN APPRÉCIER LES RÉSULTATS
Au cours de la formation, le stagiaire émarge une feuille de présence par demi-journée de formation en présentiel et le Responsable de la Formation émet une attestation d’assiduité pour la formation en distanciel.
À l’issue de la formation, le stagiaire remplit un questionnaire de satisfaction en ligne, à chaud. Celui-ci est analysé et le bilan est remonté au conseil pédagogique de la formation.
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Centre
Université Paris Cité
5 Rue Thomas Mann
75205 Paris cedex 13
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En résumé
Objectif
Durée
268 heure(s)
Coût
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Modes d'enseignement
À distance / e-learning