UNIVERSITÉ Paris Diderot

Master Biochimie, cellules, cibles thérapeutique - Spécialité : Génome et différenciation cellulaire

Master 2

1 an(s)

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Objectifs

Orientations scientifiques et professionnelles de la formation :

L'objectif principal de la spécialité est de donner à des étudiants d’horizons différents (scientifiques, médecins, ingénieurs,…) une connaissance approfondie des concepts fondamentaux contrôlant à différents niveaux la différenciation cellulaire normale et pathologique. La formation a également pour objectif de sensibiliser les étudiants aux approches et outils expérimentaux. Outre leur participation aux enseignements de la spécialité, les équipes d'accueil des Ecoles Doctorales BIOSPC,HOB constituent un support important et thématiquement diversifié pour l'insertion des étudiants en stage (quatrième semestre de formation).

La spécialité est « une référence » nationale pour la préparation des étudiants à la recherche sur la biologie des cellules sanguines.

Le parcours « Biologie moléculaire et fonctionnelle de l’hématopoïèse » a pour objectif de former des scientifiques, médecins, pharmaciens et vétérinaires aux concepts fondamentaux qui contrôlent la vie des cellules hématopoïétiques, les pathologies et les avancées en biotechnologies et thérapeutiques. Des ateliers de formation à l’analyse et synthèse écrite et orale d’articles en langue anglaise publiés dans des revues internationales de haut impact factor et à la présentation écrite et orale d’un projet de recherche prépareront l’étudiant à ses futurs projets professionnels y compris la préparation d’un projet de thèse. La formation à la recherche au cours d’un stage pratique dans un laboratoire de recherche EPST des écoles doctorales prépare l’étudiant au monde de la recherche et à l’analyse critique d’un projet de recherche.

Le parcours « Génome et destin cellulaire » s’inscrit dans un domaine allant de la biologie cellulaire et moléculaire de la différenciation normale et pathologique en passant par l’étude des mécanismes épigénétiques et aux interfaces avec la médecine. Un atelier de Bioinformatique génomique permettra aux étudiants d’acquérir des outils concernant l’identification et les comparaisons de séquences nucléiques et protéiques, l’identification de modifications post-traductionnelles et l’impact sur la structure et/ou l’expression des macromolécules. Une attention particulière sera portée à la présentation orale de travaux bibliographiques en anglais par les étudiants afin de les préparer aux concours d’entrée dans les écoles doctorales.

Programme

Le premier semestre d’enseignement du M2 (30 ECTS) comporte des enseignements théoriques et pratiques. Il est suivi d’un stage de recherche d’une durée d’environ 6 mois (30 ECTS).

La spécialité « Génome et différenciation cellulaire » offre en M2 deux parcours de type « Recherche » :

  • Biologie moléculaire et fonctionnelle de l’hématopoïèse.
  • Génome et destin cellulaire.

Une UE de « Tronc commun » d’une valeur de 10 ECTS est partagée par les deux parcours, ainsi que par les trois autres spécialités « Recherche » de la Mention. Les autres UE (20 ECTS au total) sont spécifiques à chaque parcours, toutefois plusieurs cours sont mutualisés entre les deux parcours.

En S3, les étudiants des deux parcours de la spécialité suivent (avec les étudiants des autres spécialités « recherche »), une UE (10 ECTS) de « Tronc commun ». Ces conférences permettent d’aborder des thématiques biologiques transversales (organisation des génomes, expression génique, structure et fonction des macromolécules, mort cellulaire, thérapie cellulaire/génique, outils et concepts en bioinformatique,…). Une des finalités de ces conférences thématiques est d’élargir la « culture scientifique et technique » des étudiants des différents parcours et ce indépendamment des enseignements spécifiques.

Par ailleurs, des conférences d’ouverture vers le monde professionnel (biotechnologies et débouchés professionnels, propriété intellectuelle, recherche d’emploi…) sont proposées via un partenariat avec la spécialité de M2 T2V de l’Université Paris Nord-Paris 13 (UE « les métiers des biotechnologies »). Les enseignements spécifiques à chaque parcours lors du premier semestre du M2 sont brièvement décrits.

UEs du Parcours Biologie Moléculaire et Fonctionnelle de l’Hématopoïèse (Semestre 3 et 4) :

S3 :

UE1 Conférences du Tronc Commun :

  • Ces conférences permettent d’aborder des thématiques biologiques transversales (organisation des génomes, régulation de l’expression génique, structure et fonction des macromolécules biologiques, mort cellulaire, thérapie génique et cellulaire, outils en bioinformatique).
  • Une partie de ces enseignements sont mutualisés avec la spécialité de M2 « Thérapies et technologies du vivant » (T2V) de l’Université Paris 13. Des conférences d’ouverture vers le monde professionnel (marché des biotechnologies et débouchés professionnels, propriété intellectuelle…) sont proposées en collaboration avec la spécialité T2V de l’Université Paris 13. Par ailleurs est proposé aux étudiants scientifiques un atelier spécifique tourné vers l’insertion professionnelle, leurs compétences personnelles (incluant les “softskills”) par un coach d’entreprise spécialisé.
  • Cette UE est commune à toutes les spécialités « Recherche » de BC2T. Elle permet d’élargir la « culture scientifique et technique » des étudiants des différentes spécialités/parcours du M2 via des conférences portant sur des sujets transversaux en biologie/biochimie/bioinformatique. L’UE permet également d’aborder les enjeux de l’industrie des biotechnologies et proposer une ouverture vers le monde professionnel.

UE2 Biologie moléculaire et fonctionnelle des cellules de la réponse immune :

  • L’UE« Immunologie : Biologie moléculaire et fonctionnelle de la lymphopoïèse » vise, à initier l’étudiant aux paramètres moléculaires et cellulaires gouvernant les différents concepts de la prolifération, différenciation et mort cellulaire communs à toute cellule vivante au travers d’exemples concrets et récents de l’immunothérapie dont la prise de greffe d’organes et de la réponse immune antitumorale. Certaines conférences de cette UE sont mutualisées avec l’autre parcours de la spécialité (Génome et destin cellulaire).
  • L’UE permet :
    • L’acquisition des données fondamentales récentes des concepts de biologie cellulaire pour l’étude de la fonction et survie d’une cellule souche et des cellules différenciées liée à la réponse immune l’acquisition de compétences de pointe pour l’étude moléculaire et cellulaire des pathologies humaines et vétérinaires.
    • L’acquisition d’un esprit critique et de synthèse pour l’analyse et la restitution des données de langue anglaise issues de publications scientifiques recherche de haut niveau internationale.

UE3 Biologie moléculaire et fonctionnelle de la myélopoïèse :

  • L’UE « Biologie moléculaire et fonctionnelle de la myélopoïèse » vise, à initier l’étudiant aux paramètres moléculaires et cellulaires gouvernant les différents concepts de cellules souches, prolifération, différenciation et mort cellulaire, communs à toute cellule vivante au cours du développement et de la vie adulte et les voies de signalisation impliquées au travers d’exemples didactiques issus des nouveaux domaines de la recherche, dans les états physiologiques et pathologiques et le potentiel thérapeutique de leur caractérisation en prenant comme exemple le contrôle de la différenciation myéloïde.
  • L’UE permet :
    • L’acquisition des données fondamentales récentes des concepts de biologie cellulaire pour l’étude de la fonction et survie d’une cellule souche, des cellules différenciées.
    • L’acquisition de compétences de pointe pour l’étude moléculaire et cellulaire des pathologies humaines et vétérinaires.
    • L’acquisition d’un esprit critique et de synthèse pour l’analyse et la restitution des données de langue anglaise issues de publications scientifiques recherche de haut niveau internationale.

S4 :

UE4 Stage de recherche en laboratoire :

  • Participation aux aspects théoriques et techniques d’un projet de recherche au sein d’un laboratoire public ou privé.
  • Le stage vise à « S’approprier » une problématique scientifique en lien avec le parcours BMFH.
  • Acquérir des compétences scientifiques et techniques.
  • Apprendre à travailler en groupe, à faire de la veille scientifique.
  • Apprendre à réaliser, communiquer et présenter un projet de recherche.
  • Préparation à un doctorat en recherche fondamentale.


UEs du Parcours Génome et Destin Cellulaire (Semestre 3 et 4) :

S3 :

UE1 Conférences du Tronc Commun :

  • Ces conférences permettent d’aborder des thématiques biologiques transversales (organisation des génomes, régulation de l’expression génique, structure et fonction des macromolécules biologiques, mort cellulaire, thérapie génique et cellulaire, outils en bioinformatique).
  • Une partie de ces enseignements sont mutualisés avec la spécialité de M2 « Thérapies et technologies du vivant » (T2V) de l’Université Paris 13. Des conférences d’ouverture vers le monde professionnel (marché des biotechnologies et débouchés professionnels, propriété intellectuelle…) sont proposées en collaboration avec la spécialité T2V de l’Université Paris 13. Par ailleurs est proposé aux étudiants scientifiques un atelier spécifique tourné vers l’insertion professionnelle, leurs compétences personnelles (incluant les “softskills”) par un coach d’entreprise spécialisé.
  • Cette UE est commune à toutes les spécialités « Recherche » de BC2T. Elle permet d’élargir la « culture scientifique et technique » des étudiants des différentes spécialités/parcours du M2 via des conférences portant sur des sujets transversaux en biologie/biochimie/bioinformatique. L’UE permet également d’aborder les enjeux de l’industrie des biotechnologies et proposer une ouverture vers le monde professionnel.

UE2 Expression génique, différenciation cellulaire :

  • Formation théorique approfondie dans l’étude des mécanismes moléculaires régulant l’expression génétique normale et pathologique chez les Eucaryotes : Organisation nucléaire, réplication, transcription et chromatine, mécanismes épigénétiques, ARNs non codants et régulation, échanges nucléo-cytoplasmiques, étude de systèmes de différenciation, photocontrôle de l’expression génique. Une partie de ces enseignements est mutualisée avec le parcours BMFH de la spécialité.
  • Cette formation a pour but, entre autre, de préparer les étudiants au Doctorat en leur présentant les connaissances actuelles sur les mécanismes de régulation de l’expression génique et de la différenciation ainsi que les outils expérimentaux utilisables.
  • L’accent sera mis sur la présentation orale de plusieurs travaux bibliographiques en anglais par les étudiants afin de les préparer aux concours d’entrée en Ecole Doctorale et plus largement aux échanges scientifiques dans leurs activités de recherche.

UE3 Outils en bioinformatique génomique :

  • Les enseignements de l’UE2 sont complétés par un atelier de bioinformatique génomique, complément indispensable de la 1ère partie. Une alternance de cours théoriques, de conférences et de travaux pratiques sur ordinateur permet aux étudiants de se familiariser avec l’utilisation de différents outils informatiques, couramment utilisés dans les laboratoire expérimentaux (annotation structurale et fonctionnelle des génomes, comparaisons des séquences et analyse bioinformatique et statistique des données issues des technologies « haut débit » telles les puces à ADN et le séquençage nouvel génération NGS).
  • L’UE vise à :
    • Maitriser les concepts modernes d’analyse informatique/statistique des données d’expression génomique et de séquençage.
    • Maitriser les outils bioinformatique généraux pour l’identification et la comparaison de séquence nucléiques et protéiques. Identification de modifications post-traductionnelle. Impact sur la structure des macromolécules.

S4 :

UE4 Stage de recherche en laboratoire :

  • Participation aux aspects théoriques et techniques d’un projet de recherche au sein d’un laboratoire public ou privé.
  • Le stage vise à « S’approprier » une problématique scientifique en lien avec le parcours BMFH.
  • Acquérir des compétences scientifiques et techniques.
  • Apprendre à travailler en groupe, à faire de la veille scientifique.
  • Apprendre à communiquer et présenter un sujet de recherche.
 

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En résumé

Objectif

Master 2

Durée

1 an(s)

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Modes d'enseignement

En école ou centre de formation

Type d'établissement

Université

Domaine

Biologie

Domaine secondaire

Chimie

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