UNIVERSITE DE PARIS

Bioinformatique structurale 1 : Modélisation moléculaire - Biologie

Certification / expertise

4 jour(s)

1600 € TTC

Université

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Objectifs

Connaissance des notions théoriques récentes sur l’analyse de la structure des protéines.

Savoir-faire et compétences :

  • Connaissance des notions théoriques récentes sur l’analyse de la structure des protéines.
  • Application des méthodes directement sur les projets scientifiques des participants

Public visé

Technicien.ne.s, ingénieur.e.s et chercheur.e.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.

Programme

Partie théorique :

De la séquence à la structure :

  • Elaboration de modèles structuraux sur la base de structures connues de protéines homologues.
  • Principes de la modélisation par homologie.
  • Rappels sur les familles de repliement protéique.
  • Description des bases de données de structures : Protein Data Bank.
  • Alignements de séquences et structures.
  • Sélection des cibles structurales, construction des squelettes polypeptidiques, boucles et structures secondaires.
  • Les chaînes latérales : Description des conformations. Outils de construction.
  • Optimisation des structures construites sur la base de critères énergétiques : Notion de champ de force.
  • Evaluation des modèles construits. Recommandations.
  • Cas particulier des protéines membranaires : Prédiction des segments transmembranaires.

Partie pratique :

  • Sur des stations LINUX ou WINDOWS.
  • Rappels d’utilisation des programmes d’analyse de séquence (le choix des différents programmes est essentiellement basé sur leur disponibilité et gratuité via Internet).
  • Initiation aux programmes de modélisation par homologie SwissPdbViewer, Modeller.
  • Prédiction de la conformation des chaînes latérales.
  • L’accent sera mis sur les limites des différentes approches et les précautions à respecter dans le cadre de ces différents outils.

Des modifications mineures peuvent être apportées sous la responsabilité de l’encadrement pédagogique .

 

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En résumé

Objectif

Certification / expertise

Durée

4 jour(s)

Coût

1600 € TTC

Modes d'enseignement

Type d'établissement

Université

Domaine

Biologie

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