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Programmation pour les biologistes : Python 1 - Programmation
Certification / expertise
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Objectifs
Présentation - Programmation pour les biologistes : Python 1 - ProgrammationObjectifs :
- Former des biologistes au langage de programmation Python. Celui-ci est très utilisé en bioinformatique et permet de rationaliser l’analyse de données.
Savoir-faire et compétences :
- Connaissance des concepts de programmation à travers le langage Python (variables, tests, boucles, fonctions, scripts, etc). Développement de scripts basiques et notions d’algorithmie.
- Manipulation des formats de données usuels en Biologie (extraction d’informations dans de grosses masses de données et conversion de format).
Public visé
Technicien.ne.s, ingénieur.e.s et chercheu.r.se.s des entreprises et des collectivités dans le domaine des sciences du vivant.Programme
Partie théorique :- Généralités sur PYTHON, notion d’algorithme, introduction au langage : Différents types de variables, écriture formatée, boucles, tests, gestion des entrées /sorties avec les fichiers, fonctions, parsing en PYTHON.
- La formation sera appuyée par de nombreux exemples comme le travail sur des séquences nucléiques, l'automatisation de calculs sur des génomes, l'analyse de structures protéiques, etc.
Partie pratique :
- La partie pratique se déroule en salle informatique et consiste à réaliser toute une série d’exercices de difficulté croissante. La majorité de ces exercices seront appliqués au traitement de données biologiques (fichiers genbank, PDB, etc).
- L’accent sera mis sur la pratique, applicable immédiatement pour traiter un problème en biologie/bioinformatique.
- Les notions informatiques telles que la conception d’algorithme pour résoudre un problème et la syntaxe du langage seront introduites au fur et à mesure.
Des modifications mineures peuvent être apportées sous la responsabilité de l’encadrement pédagogique.
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En résumé
Objectif
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Durée
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